궤양은 염증이 점막에까지 침투해 있는 상태로 병변이 깊고 백태가 있으며 주위 점막 부종, 출혈 등이 동반된다. 심하면 위 천공을 초래하여 수술적인 치료가 필요할 수도 있다.
내시경 검사상 궤양이 발견되면 반드시 조직검사를 시행해야 한다. 이는 드물게 암이 동반되어 있을 가능성 때문인데 조직검사상 암세포가 발견되지 않더라도 약물 치료 후 다시 한번 내시경 검사를 하여 궤양이 치유되었는지 확인하고 의심스러운 경우 다시 조직검사를 시행할 수도 있다.
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